Le mécanisme de Descartes sous-entend que les conditions de la vie et des phénomènes vitaux sont déterminés de manière matérielle (le corps étant une partie de la matière). Ainsi, on devrait pouvoir avoir une connaissance physique de même nature que celle que nous avons par rapport à la matière inerte.
Claude Bernard pose comme « axiome expérimental que chez les êtres vivants aussi bien que dans les corps bruts, les conditions de l’existence de tous les phénomènes sont déterminés de manière absolue. »Il ne s’agit donc pas ici de concevoir le vivant par une âme (animisme), ou par un principe vital extérieur (vitalisme), mais par des conditions matérielles physico-chimique.
Claude Bernard : « L’organisme créé est une machine qui fonctionne en vertu de ces éléments constituants »La nature de l’être vivant est dans la création même de cet être.
Les propriétés vitales ne se réduisent pas aux propriétés physiques et chimiques. Il y a une idée directrice qui organise le vivant, qui le conserve. Si ce n’était que de la physique et de la chimie qui « faisait » le vivant, les êtres vivants seraient identiques à la matière inerte.
Les conditions matérielles ne suffisent donc pas à expliquer le vivant : on retrouve la distinction de Kant entre le vivant et la machine.
Un être vivant n’est donc pas réductible à la machine, car il est capable de se réparer. La machine est organisée, certes, comme les êtres vivants ; possède une forme motrice, comme les êtres vivants, mais pas la force formatrice capable d’organiser les matériaux.
La machine est donc juste un moyen de décrire les êtres vivants.